აიპ მეთხილე ფერმერთა კავშირის უმაღლესი მმართველობითი ორგანოა წევრთა საერთო კრება. თითოეული წევრი აქტიურად არის ჩართული ყოველდღიურ საქმიანობაში. ხდება ნებისმიერ მნიშვნელოვან თემაზე ელექტრონულად აზრის გამოკითხვა. კითხვარის შედეგების მიხედვით იქმნება ორგანიზაციის სამოქმედო გეგმა. წევრების ჩართულობა კავშირის საქმიანობაში საკმაოდ მაღალია.

გამგეობა შედგება 9 წევრისგან, რომელიც ირჩევა 2 წლის ვადით წევრების მიერ მათივე რიგებიდან. მათი საქმიანობა არ არის ანაზღაურებადი. გამგეობა კონტროლს უწევს კავშირის საქმიანობის ნებისმიერ მიმართულებას და პასუხისმგებელია წევრების წინაშე.

გამგეობა ნიშნავს აღმასრულებელ დირექტორს. დირექტორი პასუხისმგებელია კავშირის წევრების მიერ დაყენებულ ამოცანების ეფექტურ აღსრულებაში.